1、明確二、三級醫院使用比例
新版目錄發布后，適用范圍也有所擴大，將從基層醫療機構逐步擴至各級各類醫療機構。
在新版基藥目錄相關政策問答中指出，要落實2013 年全國衛生工作會議要求，加強醫療機構用藥管理，明確二、三級醫療機構基本藥物的具體使用金額比例。
在2013年1月7日召開的全國衛生工作會議上，衛生部要求，2013年基層醫療衛生機構將全部配備使用基本藥物；二級醫院基本藥物使用量和銷售額都應達到40%-50%，其中縣級醫院綜合改革試點縣的二級醫院應達到50%左右；三級醫院基本藥物銷售額要達到25%-30%。
2、基藥目錄的增補
堅持以省為單位統一增補，不得將權限下放到市(地)、縣(市、區)或基層醫療衛生機構，并從嚴控制增補數量，維護國家基本藥物目錄的主體地位。2013 年上半年將通過自查和抽查相結合的方式，組織開展增補藥品“回頭看”，規范和加強增補藥品管理。增補藥品工作方案報國家基本藥物工作委員會辦公室備案。
3、基本藥物招標采購
堅持以?。▍^、市）為單位網上集中采購，落實招采合一、量價掛鉤、雙信封制、集中支付、全程監控等制度。對經多次采購價格基本穩定的基本藥物試行國家統一定價；對獨家品種試行國家統一定價，也可探索以?。▍^、市）為單位，根據采購數量、區域配送條件等，直接與生產企業議定采購數量和采購價格；對少數基層必需但用量小、市場供應短缺的基本藥物，采取招標定點生產等方式確保供應。鼓勵各地進一步探索降低基本藥物采購價格、保障供應和質量的有效實現方式和途徑。
完善雙信封制度在經濟技術標評審中，對藥品質量、生產企業的服務和信譽等進行全面審查。將企業通過新版GMP 認證作為質量評價的重要指標；在商務標評審中，對競標價格明顯偏低的藥品進行綜合評估，避免惡性競爭。優先采購達到國際水平的仿制藥，激勵企業提高基本藥物質量。
4、基本藥物報銷比例
按照國家基本藥物制度相關要求，基本藥物全部納入基本醫療保障藥品目錄。為進一步減輕群眾負擔，提高基本藥物報銷比例。基本藥物報銷比例明顯高于非基本藥物，降低個人自付比例，用經濟手段引導廣大群眾首先使用基本藥物。